元の GDSII 形式
は 72 um の大きさなので、一応、同じ大きさ

Y 座標について考えます
言葉では分り難いかも知れないので、
計算方法を図示します

下の area pitch の枠の中心を 0 とします(基準点)

(写真の)上の Chip Mark の位置:
   (基準点) から area pitch 量だけ上ったところから 3795 下った
   ところ、つまり
   8000 - 3795
(写真の)下の Chip Mark の位置:
   (基準点) から 3795 上ったところ

したがって、その差(距離) は、次のようになるはず
  上の位置    - 下の位置  
(8000 - 3795) -   3795   = 410
これが測定では 402 となっているので、8/420 => 1.9% 小さい 

X 座標については
(8000 - 3805) - 3805 = 390
のはず
7/390 = 1.7% 小さくなっている

8MMtip-08m.GDS
の電極部分の幅は 500um のはず。
F7000S で描いたものは 11um 小さ
くなっているが、これは
under doze or Etching に依るかも
知れないので、何とも言えない